Trong quá khứ, lượng nước mưa và độ khô cằn đã gây ra các trận lũ lụt đáng kể (trong đó năm 1768, hồ đã lan rộng ra tới mức tối đa là 515 km²), đồng thời cũng có lúc khiến mực nước hồ giảm nhiều, mặc dù dường như không có liên quan gì tới tình trạng thời tiết.

Việc nghiên cứu địa tầng cho biết lòng hồ ít nhất đã khô cạn hàng 100 lần, từ khi hồ được hình thành (18.000 - 14.000 năm trước Công nguyên). Trong lịch sử gần đây hồ đã hoàn toàn biến mất nhiều lần, ví dụ trong các năm 1740, 1742, 1811, 1813, và gần đây nhất năm 1866, khi sổ nhật ký của 1 người địa phương, Gottlieb Wenzel, ghi rằng ông ta đã đi qua lòng hồ ngày 4 tháng 6 (năm 1866) mà giày ống không bị vấy bẩn. Một phần lòng hồ đã được dùng để canh tác lúa mì và cải củ. Tuy nhiên, năm 1871 nước hồ đã trở lại và năm 1876 hồ đã đạt tới mức diện tích như xưa. Việc hồ biến mất (ngắn hạn và từng phần) lần cuối xảy ra trong mùa hè năm 1949, khi phần phía bắc của lòng hồ bị khô cạn trong vài tuần lễ. Hai lần trong các năm 1318 và 1324, hồ đã được coi như 1 dòng sông vì nước chỉ còn dồn lại thành dòng chảy ở giữa lòng hồ từ bắc xuống nam.

Ngày nay, mực nước trong hồ được điều chỉnh bởi 1 cửa điều chỉnh nước (sluice) trên lãnh thổ Hungary gần Fertőújlak, và các vấn đề khó khăn song phương được bàn bạc giải quyết tại Ủy ban Áo-Hung phụ trách về nước, được thành lập năm 1956. Năm 1965, chỉ trong 1 tháng, hồ có thêm 100 triệu m3 nước, khiến mực nước tăng 35 cm. Mực nước đã lại giảm mức tương tự (30 cm) trong vòng 1 năm, do trận hạn hán năm 2003.

Trước khi thiết lập hệ thống Cửa điều chỉnh nước vào thế kỷ 19, hồ lan rộng ra về phía đông nam tới vùng đầm lầy Hanság (tiếng Đức: Waasen), sau đó nước rút đi dần dần và vùng đất đó trở thành đất nông nghiệp từ thế kỷ 16.